Các hệ sinh thái trong khu dự trữ sinh quyển Maya đang phải đối mặt với nhiều mối đe doạ từ hoạt động của con người, bao gồm nạn khai thác gỗ trái phép, nuôi trồng, và chăn nuôi gia súc trong khu bảo tồn, buôn bán ma túy, săn trộm và cướp bóc đồ tạo tác của người Maya. Diện tích rừng của Khu Bảo tồn đã giảm 13% trong 21 năm qua theo tổ chức phi lợi nhuận Rainforest Alliance, nơi có một số dự án phát triển cộng đồng trong khu vực. Kể từ năm 2000, các trại chăn nuôi gia súc đã làm mất khoảng 8% trữ lượng khu dự trữ.[12] Một số nạn phá rừng nghiêm trọng nhất xảy ra tại các VQG Laguna del Tigre và Sierra del Lancandon.[13]